Projekt budowy Kanału Mazurskiego, który powstał pod koniec XIX wieku, opierał się na wcześniejszych pracach braci polskich, którzy osiedli na terenie Prus Książęcych. W XVII w. Józef Naronowicz-Naroński opracował dokładne mapy jezior i plan połączenia kanałem rzeki Pregoły z Niemnem, a kontynuator jego prac Samuel Suchodolec (Suchodolski) opracował projekt kanału mającego połączyć jez. Śniardwy z jez. Niegocin i dalej z rzeką Pregołą. Wraz z budową kanałów pomiędzy mazurskimi jeziorami, która rozpoczęła się w 1764 roku, zaczęto coraz poważniej rozważać pomysł połączenia nowej drogi wodnej z Bałtykiem. Spośród kilku możliwych wariantów wybrano – jako najlepiej uzasadnioną ekonomicznie – trasę łączącą jezioro Mamry z rzeką Łyną. Projekt kanału o długości ok. 50 km z 6 stopniami wodnymi i spadzie ok. 111 m opracowano w latach 1849–1862. Nie wszedł jednak do realizacji. Kolejny projekt, który opracowano w 1874 roku został już zatwierdzony przez Krajowy Parlament Prus Wschodnich, jednak ze względu na problemy związane z własnością gruntów na trasie jego budowy, również nie doczekał się urzeczywistnienia. W latach 1890–1898 podjęto próbę realizacji kolejnej wersji projektu. Zakładał on budowę śluz zamiast dotychczasowo proponowanych pochylni, a przy poszczególnych stopniach kanału (miało być ich 6) planowano budowę elektrowni wodnych. Zaprojektowano również dwie bramy bezpieczeństwa w postaci jazów walcowych. Koncepcja ta również nie została zrealizowana, głównie ze względu na protesty mieszkańców doliny Pregoły i Dejmy obawiających się zwiększania zagrożenia powodziowego. Obawiano się także, że planowane stałe zasilanie kanału wodą w ilości 6 m³/s będzie skutkowało utrudnieniami w żegludze (szczególnie w okresie letnim). W 1906 roku przeprowadzono konsultacje z mieszkańcami rejonów przyszłej budowy, podczas których ustalono zasady racjonalnej gospodarki wodnej w rejonie Wielkich Jezior Mazurskich, zadeklarowano włączenie do projektu odpowiedniej ilości zbiorników retencyjnych, budowę śluz oszczędnościowych, a także ustalono wielkość poboru wody na 3 m³/s. Projekt budowy Kanału Mazurskiego ukończono w 1907 roku i został on ostatecznie przyjęty przez Pruski Parlament Krajowy 14 maja 1908 roku. Na realizację inwestycji została przydzielona kwota 16 515 000 marek (w tym 1 815 000 marek przeznaczono na budowę zbiorników retencyjnych).

Budowa

W ramach wstępnego etapu realizacji inwestycji utworzone zostały dwa Urzędy Budownictwa Wodnego, które podlegały Prezydentowi Rządu w Królewcu, przy czym każdy z nich prowadzić miał prace na innym odcinku budowy. Została ona podzielona w następujący sposób:

I odcinek – od Łyny do linii kolejowej Żeleznodorożnyj – Kryłowo (długość ok. 28 km)
II odcinek – od linii kolejowej Żeleznodorożnyj – Kryłowo do jeziora Mamry (długość ok. 22 km)

Po skompletowaniu niezbędnej dokumentacji technicznej rozpisano przetarg na budowę kanału. Wygrały go – mające już doświadczenia w tego typu pracach – firmy Philipp Holzmann i Dyckerhoff & Widmann. Budowę oficjalnie rozpoczęto w kwietniu 1911 roku. W okresie tym średni koszt 1 km kanału wynosił ok. 300 000 marek

Wybuch I wojny światowej wymusił pierwszą w historii budowy przerwę. Do 1914 roku wykonano 3/4 robót ziemnych, ukończono większość obiektów pomocniczych i rozpoczęto budowę trzech śluz. W 1919 roku, decyzją Pruskiego Ministerstwa Robót Publicznych prace zostały wznowione. Dużym w tym czasie problemem było pozyskanie dobrej jakości cementu, szczególnie potrzebnego przy budowie największych obiektów hydrotechnicznych – śluz. Trudna sytuacja gospodarcza na początku lat 20. wymusiła kolejną przerwę. Formalną decyzję o wstrzymaniu robót wydał w 1922 roku Minister Komunikacji Rzeszy (pod którego jurysdykcją inwestycja znajdowała się od 1920 roku), jednak prace zabezpieczające trwały jeszcze przez dwa lata. Do tego czasu wykonano 20 km kanału, 10 km było w budowie, ukończono wszystkie przepusty, spusty i groble, a także większość mostów. Rozpoczęto prace przy większości śluz, a jedną z nich – Drużbę I – ukończono

Inwestycję podjęto ponownie w roku 1934. Wiązało się to z programem aktywizacji gospodarczej Prus Wschodnich realizowanym przez Narodowych Socjalistów. W tym czasie koszt dokończenia budowy oszacowano na 19 500 000 marek z terminem realizacji do maja 1941 roku. Początkowo tempo prac było szybkie i do 1936 roku ukończono koryto kanału na odcinku Łyna – jez. Rydzówka oraz drugą śluzę (Drużba II). W znacznym stopniu zaawansowania była też budowa śluz Ozierki i Piaski.

Wybuch II wojny światowej i związany z tym odpływ siły roboczej spowodował drastyczne zmniejszenie tempa prac. W 1940 roku uczestniczące w budowie kanału oddziały Służby Pracy Rzeszy (RAD) zostały oddelegowane do innych robót. Prace przy budowie Kanału Mazurskiego wstrzymano ostatecznie w 1942 roku, a w roku 1944 większość mostów na kanale została wysadzona w celu powstrzymania radzieckiej ofensywy

Po zakończeniu wojny nie podjęto już prac nad dokończeniem budowy. Stopień zaawansowania całości inwestycji szacuje się na 90%, przy czym koryto kanału zostało wykonane na całej jego długości, chociaż nie zdołano już podłączyć do niego wszystkich śluz.